1938年 - 1941年,成立泰生行永裕昌,并出任經理。
1941年 - 1944年,移居澳門,先后與友人組織恒豐裕行、和生行、大豐銀號、恒記公司,擔任總監督、總經理等職。
1944年 - 1946年,擔任鏡湖醫院慈善會董事、副董事長、董事會主席。
1946年 - 1947年,組織新中行。
1947年 - 1948年,組織大華行,擔任總經理、董事長。
1948年 - 1950年,出任澳門中華總商會理事、副理事長、副會長、會長。
1950年起,擔任澳門中華教育會理事、副會長、名譽顧問等職。
1950年起,曾任澳門籃排球總會、乒乓總會、象棋總會等會會長,濠江中學、培道中學、商訓夜中學、廣大中學、青洲小學、鏡平學校等校董事會主席。
1952年,擔任澳門勞工教育協進會主任。
1984年 - 1988年,擔任澳門東亞大學董事會主席。
1976年 - 1996年,擔任澳門第一屆至第五屆立法會議員。
此外,曾任華南企業公司、廣東華僑投資公司、廣東國際信托投資公司、廣州國際信托投資公司、中國國際信托投資公司董事、副董事長等職,暨南大學、仲愷農業學院副董事長,廣州大學、南海中學、何香凝紀念學校名譽校長,全國工商聯常委,廣東省工商聯副主委、名譽會長,中華文學基金會會長。
多年以來,歷任中國人民政治協商會議第五屆全國委員會委員,第六屆全國委員會常務委員,第八屆、九屆、十屆、十一屆全國委員會副主席,第六屆、七屆全國人民代表大會常務委員會委員,第八屆全國人民代表大會代表,澳門特別行政區基本法起草委員會副主任委員、澳門特別行政區籌備委員會副主任委員。
2002年02月,榮獲澳門特別行政區政府頒授大蓮花榮譽勛章。
2006年03月,榮獲“中華慈善獎”。
2018年12月18日,榮獲“改革先鋒”榮譽稱號及獎章。
抗戰期間,將自己的結婚禮金捐獻給廣東省婦女會戰時兒童教養院。同時,通過關系開設一家葡法洋行,專門將抗戰物資中轉運往內地。
1950年,積極協助內地駐澳機構購運戰略物資,支持解放軍解放海南與廣西。
抗美援朝期間,與港澳愛國人士一起從國外采購大量急需物資運進內地,有力地支援抗美援朝。
在深圳特區成立之初,與霍英東、何賢率先向珠江三角洲投資,興建第一家合資的星級賓館中山溫泉賓館,并興建從澳門到廣州的4座大橋。
捐資設立“馬萬祺科技創新與醫療扶助基金”、“大華教育基金會”、“馬萬祺獎勵基金”,獎勵內地醫院救治技術創新、資助高校獎學金等助學項目。同時,還捐資為家鄉修建學校和醫院大樓,為家鄉的教育和醫療事業奉獻愛心。此外,積極參與籌建中華文學基金會,為推動對外文化交流、傳播和弘揚中華優秀傳統文化做出積極貢獻。
2003年,抗擊“非典”斗爭中,積極帶頭并號召駐澳門的全國人大代表和各級政協委員捐款捐物,購買醫療設備,分送到北京、河北等地。
2008年,汶川特大地震發生后,帶頭捐款,連同澳門地區全國政協常委發出倡議,推動澳門各界關心災情,幫助災區重建家園。